统兵权在五军都督府，例如要打仗了，皇帝要调兵，就从五军都督府任命军事统帅。
军队司法权则新成立--监察厅，由原兵部部分人员和锦衣卫部分人员组合而成。至于为何都与锦衣卫有牵扯，原因只有一个，它这条疯狗好用！
那么后勤军政归谁呢？
自然是原兵部。
朱翊钧慢慢回忆着上辈子了解的情况，随后结合着万历时期的特点，进行这改革。
杨傅等人越听越觉得震撼。
朱翊钧心里当然是非常自信的，这一套就是后世的军事架构么。
总督就是中央朝廷派遣到军区里做思想工作和管理军政的，是文官，但一旦到了作战的时候，避免外行指挥内行，总督就不能随便干预了。
这叫军政和军事指挥分离，防止权力过于集中，防止武将尾大不掉。
总督是朝廷对军队思想传递的代表，要确保军队是却对忠诚于皇帝的。
都督是朝廷委派的军事长官，要是有相当丰富经验的军事武将。
这和解放军的基本思路一样。
抄作业嘛，不磕碜！
而且直白的说，大明的军政早就是烂摊子一块，再烂也就是哗变造反了。
解放军的基本思路，对于明朝的文官们其实很好理解。
因为解放军的军政和指挥权分离，是借鉴的前的军事制度，明朝沿用了，只不过在这基础上又优化了。
朱翊钧这套思路，在场的内阁成员都听懂了。
大明朝的总督、督师不就是去地方辖制军政么？
只是总督和督师权力非常大，不仅仅有军政权，还有指挥权，就经常导致外行指挥内行了。
朱翊钧的意思就是将指挥权还给武将，总督需要加强对军队的思想建设。
看各位大臣似乎接受了，朱翊钧继续道：“杨傅，你是原兵部尚书，你认为我大明在大规模会战的时候，为什么经常失败？”
这听起来仿佛是一个送命题。
一般皇帝是不会提这种自己战败的敏感话题的，可朱翊钧这个穿越者就无所谓了。
战败就战败嘛，得分析原因，不能当做什么都没有发生，只有分析了原因，才能改正。
杨傅道：“回禀陛下，是士气低迷，具体反映在军饷，但最重要的是军纪涣散，大规模会战讲究的是统一调令，对军纪要求非常高。”
朱翊钧道：“你说得对，但还有一点，是总兵在指挥的时候，分身乏术，他的军令不能很好的贯彻到下面。所以朕在想，现在新军里的都督麾下，要设置一个专门协助他的部门。”
张居正想了想说道：“在都督府设置参谋部，参谋长负责战时协助都督作战，提供战时情报、计划，对接后勤调度，还协助指挥，当都督的军令下达的时候，由参谋部协助传达，确保军令全部下达。”
吕调阳不由得说道：“陛下，这个参谋部是不是和幕僚有些类似？”
“与幕僚完全不同，参谋部的参谋长必须由军委会任命，幕僚则是长官的私人附庸，且幕僚的权责不清，但参谋部的权责要定得非常清晰，战时各司其职，不准随便僭越，否则必然大乱！”
皇帝这么一说下来，杨傅已经大致全部明白了。
这是一套非常精细的军政架构，每一个角色的权力与责任都已经很清晰了，相互不能随便僭越。
既保证了军事作战时军事长官的权威，也保证了军队对朝廷的绝对忠诚。