当时军政事务皆由王振专断，行军路线屡变，士兵疲惫不堪。兵部尚书邝野一再要求入居庸关，以保安全，但王振不准。而且当时后勤供给不足。当大军到达土木堡时，可能是饥渴难忍的军士发生小规模哗变，导致大军混乱，瓦剌军趁机进攻。明军仓促应战以致兵败，兵部尚书邝野、户部尚书王佐等66名重要大臣战死。
当时也先挟持英宗回京，要求守城者开门，于谦等大臣拥立郕王为帝，遥拜英宗朱祁镇为太上皇。并亲自守城拒绝英宗回京。
陷入了低潮。而以于谦为首的文官们则在击退了瓦剌兵马之后走上巅峰！
但是北京保卫战结束之后，文官们却没有归还这项权利。反而把调动军队权力放在了兵部，彻底架空了五军都督府。而当时新登基的皇帝迫切的需要文官的支持，所以就默许了这件事。
于是在之后相当长一段时间里，文官们为了利益开始向前宋一样摆弄勋贵、武将。而勋贵集团损失了大量的中坚骨干之后也无力发声，所以导致武人的地位一降再降！军心士气全无，任凭文官摆弄！甚至国内外出现战事，都要派文官去指挥。
但这也不能说明勋位武人就无力反击了。那些勋贵们本省就扎根在军方，他们还不断的相互联姻，层层叠叠的盘踞在军方上下各处。如果他们真的团结起来，力量也非常强大的。所以文官们虽然压制住了勋贵武人们，但是也不敢把事做的太过分。
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