与此同时，普京重新打造克格勃系统。2003年3月，大力加强俄联邦安全局的机构设置，使之成为仅次于国防部的强力部门，成为当年克格勃的缩版。2005年，普京下令斥资数百万英镑，拍摄俄版007，为克格勃平反。
普京还重用了一批有克格勃背景的人。这种嗜好让普京时代的俄罗斯政坛出现了一批新克格勃权贵。2001年3月政府改组，普京一口气更换了四大强力部门的负责人，让同乡、同学和克格勃同事伊万诺夫出任国防部长，让团结党议员团领导人格雷兹洛夫出任内务部长，分别控制了军队、警察和内务部队。同时，刚建立的七大联邦区的总统全权代表，也大都出身于克格勃，是普京的知己和亲信。据俄罗斯社会学家统计，在普京第一个总统任期结束时，身居要职的官员中戴过肩章的人比例已达50%。而正是这些来自原克格勃系统和其他强力部门的干部，在帮助普京实行铁腕治国方面起了重大作用。