哪怕这次朝廷平定水西安氏的叛乱后，也不能一下子根除水西安氏的影响，再加上安邦彦之子安武功还逃脱在外，因此他建议对其采取怀柔并用的措施。
一方面趁此机会水西各地，无论是水外，还是水西本地的织金关那威官寨织金金沙等地，都改土归流。
将水西之地分为设置大定黔西平远威宁四府，全部归贵阳布政司统治，并且在四府设知州一员兼寄军民负责理赋税以实边理辞讼以息事，兴学政以敷教。
另外再在水西设置卫所屯兵，作为监视管理，以防止叛乱。
但考虑到水西之地太大了，有些地方土司势力根基深厚，如果一下全部改土归流很容易再激起叛乱，特别是水西安氏，虽然伏诛，但其世代在水西为官，如果用他们的旗号协助统治还是很有用的。
因此他又提出了第二条建议，便是众建土目而少其力。
所谓土目就是土司佐治官，说白了就是土司的手下。在土司管辖的地区，土司就是依靠各种各样的土目官进行管理跟统治。
所以朱燮元建议，对于水西地区，要瓦解水西安氏的威望跟统治，最好的方法就是从这些人着手。
他建议选用水西安氏不要灭族，而是选一年幼支脉继任水西宣慰使的职位，居住于贵阳城，不得随意外出，更不得回土司。
同时让官军继续横扫水西，清剿荡逆，同时大量提拔归顺朝廷，之前里应外合向朝廷通风报信输送粮草的水西本地的寨主小族族长为当地的土目官。
他们只需要接受本地流官管辖，每年向朝廷缴纳赋税输送兵源即可。只要如此朝廷就允许他们世袭罔替，代表朝廷统治本地。
在朱燮元计划里，要在大定黔西平远威宁四府一共设置二百多个土目官，数量极其庞大。
这个建议朱由校看了以后觉得甚是赞同，这不就是西南土司版的推恩令嘛。
这些土目官之前都是背叛过水西安氏，拥护过朝廷的人。
因此当朝廷颁布这个政令以后，他们对于朝廷对其的统治是最拥护的。因为他们的权力都来自于朝廷，所以他们对水西安氏的归属感也会进一步减弱，哪怕以后水西安氏再造反，这些人也肯定不会同意。
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