只是这么多人，不知道该怎么管理，不过随后孙元化很快对这个问题做出了回答。
孙元化虽然朝廷把澳门“租”给了葡萄牙，但并不是没有派人管理。
相反根据他亲自察看，发现广东布政司对澳门采取“建城设官而县治之”的方针。即设置管理澳门的机构和官吏，制定有关法规，严加军事防范，派遣政府要员巡视。
广东布政司在澳门设有提调、备倭、巡缉等官员，这些官员统称“守澳官”这些人都要在澳门驻扎，办公。
同时澳门的断案、刑法等事，则是由广东香山县县令兼管，一般负责编查澳门中外居民的保甲户口、核准澳中房舍的修建拆毁、征收澳内村民田赋及葡蓉租、审理中外居民之间的民事及刑事案件、发布各项行政命令、缉解内地逃犯、查验出入港口船只等等。
这些事务可谓是纷繁复杂，但由此可见澳门还在大明的掌控之下，这也让朱由校沉闷的心情好上了不少。
但这种好心情并没有持续多久，孙元化很快就给朱由校汇报了一个很坏的消息。
根据当时葡萄牙人与大明的协定，葡萄牙是只有居住权，没有军事权，因此如果不经过大明朝廷的允准，是不能擅自修筑军事公事的。
这一点孙元化自然是很是清楚，但他进入澳门港口以后，就发现葡萄牙人在澳门南湾港口附近，修建聊伽思栏炮台和南环炮台。
除此以外，他们还在澳门妈阁庙、修建了能控制澳门东部海域、控制北湾的炮台，并于去年完成北起大炮台山麓、东抵伽思栏炮台附近海滨的一段城墙。