在土尔库万战役中，莫罗一战成名。因此在1795年担任莱茵军团司令，率部渡过莱茵河进入德意志地区作战。在那里莫罗打了好几个胜仗，甚至一度渡过伊萨尔河。但是当与奥地利第一名将卡尔大公交手后莫罗连吃败仗。
如此在不利的形势下，莫罗充分发挥了他的优秀军事才能，将部队有序完好地撤过了莱茵河，同时还带回5000名奥地利俘虏。
1799年，欧洲封建君主利用拿破仑远征埃及，督政府无力控制法国国内局势之际，组织了第二次反法同盟。他们派来了沙俄第一名将苏沃洛夫元帅率俄奥联军向法国进攻。督政府急忙重新起用莫罗，任命他为意大利军团司令。但没等莫罗和苏沃洛夫交手，督政府又临阵换将，任命以勇猛著称的儒贝尔为意大利军团司令，而准备把莫罗调往莱茵军团当司令。
在接到委任状之前，莫罗暂时留在意大利随儒贝尔一起作战。可惜在诺维战役中，法军被苏沃洛夫打得大败，儒贝尔阵亡。莫罗临时接过指挥权，指挥部队撤回了热那亚。在那里，他把部队指挥权交给尚皮奥内将军就回国了。
这时拿破仑从埃及偷偷跑回来后在巴黎找到了莫罗，希望他支持自己。由于对督政府的不满，莫罗同意与波拿巴合作。雾月18日政变后，莫罗率兵将两名督政官软禁在卢森堡。作为回报，他又得以指挥莱茵军团在中欧作战。
这一次进军十分顺利，奥地利人又被打回了伊萨尔河东岸。回国后，经约瑟芬介绍，他与一名叫米莉·奥洛的克里奥尔女子结婚。