文久三年（1863年）八月十八日，会津藩会同萨摩藩将尊皇攘夷派的长州藩赶出京都，史称“八一八之变”。本来声名低微的浪士组在政变中崭露头角，被赐名为新选组。
以近藤勇为首的势力排挤了新选组中的水户天狗党势力，近藤勇坐上了局长的宝座，而土方岁三被任命为副长。土方岁三的排名虽在近藤勇之下，但他长于谋略，是新选组的实际支配者。
庆应四年（1868年），鸟羽伏见的枪声点燃了戊辰战争战火，新政府和幕府进入对抗状态。
近藤勇因伤在身，委托土方岁三带领新选组参战，但号称精悍的新选组在新政府军的西式枪炮面前依旧难逃一败涂地境地。
土方岁三回到江户之后，痛感旧式刀枪已然过时，如今已经是洋式军备的时代。但是，身为效忠于江户幕府的新选组，明知不敌，也要继续为幕府而战。在幕府重臣胜海舟的指令下，土方岁三与近藤勇将新选组残余队员改组为甲阳镇抚队，并率领甲阳镇抚队一路开往甲斐（现山梨县），试图阻拦步步紧逼的新政府军。