朝廷六部包括礼部、工部、刑部、兵部、吏部、户部。这六大部门的最高长官都是三品大员，唯独科学部的最高长官，所谓的大院长，只是四品官。这使得科学部乍看起来似乎比其他六部低一级。
其实，这是李世民做出的让步。也是科学部想要独立于六部之外所不得不付出的代价。
三省六部是古制，从前隋的时候，制度就是这么定下来的。冷不丁多一个跟六部并驾齐驱的第七部，这在权力结构上就是一个巨大的变化。虽然名义上科学部不具有任何权力，但将来的事情谁说的准呢？朝堂上的老狐狸不会有人将这样的承诺放在心上。
在他们看来，不管多出来的第七部叫什么名字，只要它是多出来的，就是一种威胁。
李世民虽然不介意用强力手段将此事确定下来，但也不得不做出让步，从而争取到更多中立者的默认。而最简单的方法，就是让科学部的最高长官在品级上比其他长官低一级。这就表达出了一个意思：科学部虽独立于六部之外，但却并非与六部并驾齐驱，只是一个独立机构而已。
这个态度明确地表达出来之后，反对的声音才减弱了那么多。
说实话，李信并不在意科学部到底是不是比其他六部低一级。他看重的只是科学部究竟能不能独立在六部之外而已——品级低一点又怎么样？只要在职能上没有领导与被领导的关系，那也就不存在什么上下尊卑，科学部还是可以自行其是，这才是最重要的部分。
端坐在书房中，李信手里拿着笔，默默地在面前的白纸上写下三个大字：科学部，随后又在下面写了个“大院长”，后面填上自己的名字。