早在太祖皇帝之时，就确立了对乌斯藏“政教分离”的政策，并且广设卫所，派遣流官过去进行管理。
虽然和很多边疆机构一样，卫所之中的官员大多是乌斯藏本地的寨主担任并且世袭，但朝廷也不是白白派遣流官过去浪费人才的。
一方面，明朝承认世居其地的土官酋豪的世系特权，一方面派遣汉族流官，以流管土，以土治番，土、流官员皆为武职，听命于兵部调遣。
而其中，流官为主导，而土官为之辅，由此强化了中原王朝对高原的政治控制。
针对在高原势力强大的喇嘛教，大明朝也有自己的手段——
永乐年间，朝廷就在高原建立起了一套僧官制度，僧官分教王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等，每级依受封者的身份、地位进行分封。
对宗教人物进行地位分化，然后又通过册封其首领为“法王”的方法，使得原本一体的喇嘛教出现了分化。
你是法王，我也是法王，凭什么这块地盘只能让你一个人念经？
我就念不得？
还有高原喇嘛教特有的“转世灵童”方面，大明朝也不是没有注意过。
毕竟只要掌握了转世灵童，就差不多掌握住了未来的高原宗教领袖，有利于加强朝廷对之的控制。
不同于后世印象里，好像只有鞑清时才创立的“金瓶挚签制度”，在永乐朝的时候，明朝就对活佛的转世灵童进行过审查，可以算得上是有史可查的，最早的中原王朝对藏传佛教转世灵童的审查记录。
可惜那个时候，已经是永乐朝的末尾了。
太宗去后，仁宗执政短暂，宣宗盛行内卷，徽宗幼年登基，成年后更是一通操作猛如虎，抬头一看零杠五，使得在永乐朝开启的，对灵童的审查并没有延续下来。