朱燮元是很有能力的。
而且他曾在前线指挥战斗，擅长谋定后战。
他对皇帝组建的参谋体系极为认同，在作训方面确立参谋中心制——
以参谋系统为中心，负责作战训练。
参谋长的分量被提升到和主将、护军平级，作训方面的事情，都由参谋长负责。
在向朱由检的汇报中，他说道：
“主将任务繁杂，要负责军中方方面面。
然而对军队来说，最重要的是打仗。
战场上打不赢的军队，其他方面做得再好也没用。
臣以为参谋长的地位应提高，不是主将的幕僚。”
这是参谋机构设立后，一些人的看法。
在他们看来，所谓的参谋，就是主将的谋士。
有些主将把参谋视作家臣，甚至想用私人幕僚替代。
朱燮元严厉批判这种想法，认为参谋体系能发挥更大的作用：
“参谋长和主将，是平行的搭档。
或许职衔有差别，地位却是相当。
他们不是上下级，而是分工不同。
凡是作战、训练方面的事务，都由参谋长负责。
主将则是挑选作训方案，负责整体方向。不能凭空制定战术，作训方案必须由参谋长副署。
如果参谋长和主将有分歧，有权向上级参谋机构奏报。
参谋和护军一样，拥有独立奏事权。”
将参谋的地位大大提升，在军中可称三独奏——
三人都有独立奏事权，可以向上级奏报。
这是保障参谋体系独立性的关键措施，朱由检听了点头认可。
他知道德二就是靠着参谋体系长期维持战力的，参谋中心制总比完全依赖主将好。
他向朱燮元道：
“卿有这个想法，可以尝试去做。
如果试验效果好，就在军中推行，制定正式条例。
还有杨卿，这是你分内的事情，你要多用心些。
朕允许你这个总参谋长，和其他参谋长一样有独奏权，可以直接向朕奏报。”
这个决定，让在场的官员吃了一惊，认识到参谋体系的地位大大提高：
以后，参谋部甚至能独立出枢密院，如同兵部一般。
本来还觉得朱燮元有些过于插手参谋部的杨嗣昌，这下子是高兴了。
他有这个权力，地位就真正和兵部尚书相当。
朱燮元看着这一幕，没有表露什么想法。而是继续提建议道：
“参谋机构制定作战方案，非常依赖情报。
如今军中情报，完全是由锦衣卫负责。
他们搜集大方向的情报尚可，但是对于前线具体的情报、战术侦察工作，则是力有不逮。
臣以为参谋部应成立情报司，负责军中情报。”
这又是给参谋部扩权，杨嗣昌听了极为惊讶，对这位新枢密真的有点服气了：
人家完全没在意他的争权夺利，真正有宰相气量。
朱由检对朱燮元这样做也很满意，但他不可能放任参谋部组建情报机构。
什么都被枢密院掌握，他这个皇帝就危险了。
思索之后，他说道：
“战争不仅是军事，关系到方方面面。
锦衣卫搜集的情报或许不够精细，却能更加全面。