反抗无望的少年少女无奈地坐上了黑色轿车，车上美里对真嗣解释起来，比如她其实是为某个叫做nerv的特殊组织工作啊，比如现在组织需要真嗣的力量啊，比如他马上就可以见到他爹了啊，等等等等。
“我想到了阿姆罗·雷。”真嗣不高兴地嘀咕道，“总不会让我去开高达吧。”
数十分钟后，经过一系列复杂的认证，真嗣和明日香进入了nerv的总部。明日香被带走不知道去了哪里，美里带着他见到了一个巨大的机器人。机器人的样子很奇怪，首先大小就比普通ms大一倍，足有四十多米高，其次形象也和ms区别甚大。
“这是evangelion初号机，是根据由已故的调整者之父伊奥利亚博士留下的设计制造出来的决战兵器。”美里指着巨大的机器人向他解释道，“这是我们人类最后的王牌。”
“这也是父亲的工作吗？”真嗣怔怔地问道。
“是的。”一个熟悉的沙哑声音从上方传来，真嗣不禁抬起头，出现在那里的男人是他时隔多年终于再次见到了的父亲，“好久不见了啊。”
“爸爸……”
“出击。”男人没有任何叙旧的意思，甚至连儿子的名字也没有喊过，只是冷漠地说出了这个词。
“真嗣君，虽然很对不住你，但就是这个样子。”美里羞愧地侧过脸去，“敌人已经判明是使徒，我们没有别的选择了。”
“爸爸！”真嗣鼓起最后的勇气看着碇源堂，“你叫我来到底是为了什么？”
“为了让你坐上这个出击，和敌人战斗。”碇司令理所当然地回答道。
“不是爸爸你说不需要的我吗？事到如今有说这种话也太荒唐了吧？”真嗣指着自己喊道，“为什么是我？凭什么是我？”
“因为其他人做不到。”
“我也做不到啊！怎么可能做得到！”真嗣愤怒地大喊道，“这种见也没见过、听也没听过的东西，我怎么可能会开？！”
“去听说明。”
“做不到的！我做不到的！”
“你没有选择。”碇司令冰冷的视线打在真嗣身上，让他产生了自己打了个寒蝉的错觉，“人质在我手上。”
“……明日香同学？”真嗣忽然想起来从进入nerv时起就不见了的那一位，他疑惑地看向身边的人，“美里小姐？不是真的吧？”
葛城美里内疚地低下头，不敢看他的眼睛：“真嗣君，对不起。”
“大人的做法太卑鄙了！”真嗣咬牙切齿了一会儿，急促地低声反复念叨着“不能逃避”，最终抬起头看向碇司令，“我去就行了吧！我去驾驶！”
碇源堂没有再多看一眼，他面无表情地返回作战指挥室。正中间的大屏幕上，一群布里塔尼亚型号的量产ms在围攻一台扎古2。然而逆天的是，理论上型号更落后的扎古2此刻正一骑当千所向披靡。
“会开ms的使徒，出现的第一个就这么令人难以置信。”冬月副司令负手站在碇源堂身后，“更令人想不到的是，大名鼎鼎的灵格斯博士竟然是使徒，我简直要怀疑这个使徒鉴定装置的准确性了。”
“伊奥利亚的作品，不可能有问题。”碇源堂肯定地说，“那台ms里坐的就是使徒。”
“司令，lcl注入完毕，神经连接无异常。”指挥室内一位妹子报告道，“同步率……百分之零？初号机出现拒绝反应！”
“继续尝试。”碇源堂毫不迟疑地下达指示，“不可能是百分之零。”
“第二次尝试。”妹子继续汇报，“初号机拒绝，同步率百分之零！”
“不可能，初号机里面可是……”碇源堂脑海中灵光一闪，紧接着背后一凉，“立刻弹出插入栓，恢复所有拘束，切断一切对初号机的供能。”
“碇？”冬月不解地看向他。
“被查尔斯算计了。”碇源堂深吸一口气，沉声道，“初号机里面不是唯。”
“司令！”妹子焦急地报告道，“初号机拒绝电子信号，插入栓被强行弹出，米诺夫斯基核反应堆无法关闭！初号机在没有驾驶员的情况下自己动起来了！”