之后，为对抗即将陆续苏醒的使徒，作为亚当复制体存在的eva制造计划被暗中启动。同时，作为莉莉丝分身存在、最为特殊的一台eva也顺利完成建造。按照原定计划所有使徒都会被人造的最终兵器eva所消灭,到那时就不需要担心亚当和使徒们引发第三次冲击的可能。如果只是消灭使徒，那么人类终究还可以继续存活下去。
但当seele开启第三次冲击,不论自身是否愿意所有人都会放弃作为个体的自己从而完成向神明’的赎罪。
届时整个地球上只会剩下一个生命,而那绝不会是任何个人类，因为没人能够在赎罪’后继续活着,正如同每个人在seele看来都拥有相同的原罪”-般。在二号机后完成建造的九台量产机就是为这个计划说准备，能够开启反力场的它们在接触莉莉丝后，将会依靠对方足以遍布整个地球的巨大力场完成全球人类的补完’,让破碎的灵魂重新回归完整再也没有任何纷争,陷入如同死亡般永恒的寂静安宁之中。依靠eva系列无与伦比的武力，只要顺利击败使徒，那么地球上所有国家都不能阻止整个计划的进行。
可惜，这个计划却在十二年前被一个女人看穿。碇唯，这个学握e计划全部研究制造流程的女人原本一直用理性而冰冷的目光注视看人类走向毁灭。
但当她成为一位母亲，望若婴儿车中熟睡的真嗣.她决定逆转全人类毁灭的未来。哪怕需要付出自己的生命.甚至永远无法看到孩子长大的样子。
手术台上,真嗣的眼皮微微晃动仿佛陷入深沉的梦境,亦或是沉浸在某些遥远的思念中。回忆里的阳光虽然炎热却让人感到温暖。
在小小的碇真嗣面前，那个身穿白色连衣裙的女子用平缓而温柔的语气道出残忍却理性的话语。
“现在的人类只能在这颗星球上生存，但是eva却可以无限地生存下去.和奇宿于其中的人的心灵-起.就算再过50亿年，地球和月5，甚至太阳都消失了