叛军撤出登州府之后，就彻底分裂了，被李九成坑了一把后，孔有德和耿仲明两人宁愿没有李九成麾下那一万多人叛军，也不愿意在与这个坑爹的队友一起组队了。于是，李九成就不得不自己单干了。
不过不管是单干的李九成还是依旧在合伙的孔有德和耿仲都没敢在登州府多待，出了登州城之后，就直奔莱州府去了。
其中孔有德和耿仲明为了尽快脱离破虏军的虎口，担心走掖县jinru莱州府会遭到莱州知府的堵截，还特意转道走莱阳，并且在莱西登船，沿大枯河直接杀进了莱州府东南部胶州地区，发现破虏军没有追上来的迹象之后，孔有德和耿仲明决定在胶州地区恢复元气，然后在经青州府杀回到济南府去。
而李九成则仗着自己兵力马壮，又战功赫赫，决心攻下莱州城以解被方云赶出登州之恨，当然也有借莱州府的资源扩充自己实力的意思。
不过李九成没想到的是，莱州城虽然没有登州城那么城高墙厚，也没有登州城那么多火炮这样的守城利器，甚至连守城的兵力也比不上登州城。
可不管是莱州知府还是负责守城的莱州总兵，守城的决心可要比当初的孙元化坚定多了，而且莱州城也没有像耿仲明这样的内应，李九成麾下的兵马虽然有半数是老兵，其他也或多或少地见过血，可叛军的人数总共也有一万人出头，而且还有没任何攻城利器。
再说人家莱州城光是正规军就有八九千人，知道叛军来了之后，莱州知府还在城里征召五六千壮丁，把莱州城防护就像是铜墙铁壁一般，李九成猛地一头撞了上去，立刻就是头破血流，不到五天的时间，就损失了三千人。
要不是李九成反应的快，带着残余的七千多叛军连夜从逃跑了，说不定他这支叛军就会全部搭在莱州城下。不过李九成从莱州城逃跑之后，也没有立刻逃出莱州府，而是青州府和莱州府接壤地区舔伤口。
卧榻之下有两支叛军的队伍在酣睡，登莱知府自然直坐立不安，做梦都会吓醒。因为在莱州城下击败过李九成，莱州知府就把目标瞄准了李九成，在加上这个孔有德和耿仲明两人率领的叛军人数比较多，所以莱州知府便让莱州总兵先对付李九成。
莱州总兵虽然说在登州城击败了叛军，可他麾下的士兵和山东其他明军一样，几十年都没有打过打仗了，之前因为兵力不比叛军少，又占着守城的优势，他们才能轻易地挡住李九成的进攻。
可是他们主动放弃自己优势，主动和叛军野战，而李九成好歹也是从济南府打到登州府的，中间不知道击败了多少官军部队，莱州兵以己之短攻敌之长，结局自然难逃惨败，八千余人的大军逃回莱州城后还不到三千人。
要不是李九成、孔有德、耿仲明三人都没有在莱州府发展的想法，估计三人只要再次合兵一起攻打莱州城，莱州城最八成就要守不住了。
叛军的主力虽然都在莱州府徘徊，不过还有几股被打撒的叛军小部队在登州府境内作乱，此外，孔有德留下来断后一万叛军，有两千来人在方云夺回登州城之前跑了出去。
这些叛军手里都掌握这孔有德留下来大笔的钱财，跑出登州城后，只有极少部分胆小、谨慎的叛军将领偷偷地脱下了军装，带着钱财和家人躲到南方去了，大部分叛军再尝到了掌握别人生杀大权、来钱又快的甜头后，再也不想回去过以前那种无权无势的生活了。
这这部分叛军在一个名叫周丽川的叛军游击将军率领下，汇合被打算的叛军之后，兵力顿时超过了两千人，周丽川又利用手里钱财，在招远，栖霞，莱阳。莱西一带大肆招揽土匪流民，一下子有发展出了一只五千余人的贼军。