‘第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具叁聚戒;设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣!’
‘第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、颠狂、种种病苦;闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦’。
‘第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦;我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提’。
‘第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身;闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提’。
‘第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚;若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提!
‘第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦;若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦!’
‘第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业;得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之’。
‘第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼;若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘、涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足’。
‘曼殊室利!是为彼世尊药师琉璃光如来、应、正等觉行菩萨道时，所发十二微妙上愿’。