而到了元朝末期，江南烽烟四起，这条海运路线也就此断绝。
大明开国之初，朱元璋和朱棣也曾经使用过这条路线，洪武三十年，海运粮七十万石给辽东军饷。永乐初海运七十万石至北京。
直到永乐十三年，会通河修缮完毕，大运河重新贯通，大明朝廷立刻断绝海运，全靠大运河为京城输送漕粮，这不得不说是一种历史倒退。
大明在重新开掘大运河时，也不是没有大臣劝谏不可废除海运，比如翰林学士危素就曾经建议朱元璋要海陆并重。
可惜他是元朝的降臣，朱元璋不信任他，而且大明在一统天下时，曾经和海商支持的张士诚、方国珍等势力进行过激烈的交战，朱元璋一直视海商为大明统治的敌人，又怎么会把漕运命脉交到他们手里呢？
等到了永乐年间大运河修成，海运重要性进一步降低，在朝廷看来，漕粮走大运河就行了，没必要再冒风险走海路。
一直到明末，江南烽烟再起，漕运受到了极其严重的影响，太仓沈廷扬重新提议漕运转海，大明才重新进行了尝试，可惜那时候已经晚了。
朱元璋开局一个碗，起兵推翻蒙元统治，重新建立汉人朝廷，的确功莫大焉，得位之正历朝历代也没几个开国皇帝能比得上。
可惜他终究不是完人，大明开国后的各项政策都趋向保守，缺乏汉唐时的进取精神，以至于华夏多次错过关键性的历史时刻，这不得不说是一种悲剧。