故事介绍在与袭击人类的异次元体“nova”的战斗中失去了姐姐的少年——青井和哉，被转入了对异次元体nova的作战专门学校——「杰尼提克斯学院」。那里是为了将来与nova战斗、少年少女们学习战斗技巧的地方。在转学当天遇到背影神似姐姐的校园女王莎缇莱萨的瞬间，和哉的人生就此发生转变——充满爱情和热血的sf斗剧，在这里绚烂开幕！！
相关名词潘多拉：能够跟所有现代武器都无法破坏的nova进行战斗的女性。通过圣痕移植，获得常人所无法比拟的身体能力，同时拥有让人惊异的自愈能力。女性如果不具备一定数值以上的圣痕适植率就无法成为潘多拉。
制御者：能够使用跟nova一样的「冰结领域」能力的男性。战场上作为潘多拉们的搭档，中和nova所释放的冰结领域，确保潘多拉们能够自由移动的空间。要成为制御者就必须接受已经在潘多拉体内生长成熟的一个或一个以上数量的圣痕。比起成为潘多拉，男性成为制御者的适合率是最高的。
杰尼提克斯学院：对异次元体nova专门组织。育成潘多拉以及制御者的军官学校。在全世界范围内存在。
同调生体着装：潘多拉运用圣痕的力量在全身分布的特殊形态的分子。拥有强力防御力的同时能够具现化各种各样的服装。由于长时间使用该着装会对肉体产生负担，因此仅被允许在战斗时使用。但是对于那些运用熟练的潘多拉来说，该着装不仅被用在战斗过程中，连平时穿的制服也经常会以该着装的方式来具现化。
同调生体武装（星尘武器）：潘多拉使用圣痕的力量产生出的武器。武器形态因人而异。
ereinbar：在大脑中，位于比神经元更为深处的地方控制着人类五感的未知器官。