类似大理寺的大审院则在少卿以下设正四品院监一人，从四品院丞两人，主持院务，此外还有十二名正四品的评事，四名正五品的典律，正七品以下的书办若干。一旦出现需要大审院出面的重大案情，由正卿挑选若干评事和至少一名典律组成合议庭，进行审理。
等同于都察院的监察院在少卿以下设立负责监察中央及地方的正五品官阶的监察御使二十二人。因为监察御史的人数较多，所以郑克臧特意砍掉了并称“科道”的六科给事中，这样一来监察的责任全部压在了御史的头上，为了让监察院能承担起这副重任，在每名监察御史之下又有四到五员正六品的监察侍御史和相同数目的正七品的监察侍御史里行作为助手。此外，院内同样设负责院务的正四品院监和从四品院丞，管理文书档案的正七品典簿以及正七品至从九品之间的书办若干。
太医院则设立正五品的医宗、从五品的大医师、正六品的一等医师、从六品的二等医师、正七品的一等医士、从七品的二等医士、正八品的三等医士、从八品的一等医生、正九品的二等医生、从九品的三等医生等十个等级的医官，并在民间采用天地良平四个等级区分医生的行医资格，至于院务，同样由院监和院丞等来负责。
在部，院，衙门之上，郑克臧还重新设置了政事堂，政事堂由相、财相、兵相、律相和内相组成。财相在度支部、盐铁部以及国库、海关、税务诸衙门的尚书、会办大臣中产生；兵相由6军部和水军部的尚书轮流担任；律相又叫法相，在大审院、监察院和警政、狱政两衙门的主官中挑选；內相则在内大臣中挑选；相又分平章军国事和参知政事，前者为正，后者为副，各一员，一般参知政事由邮传部、水利部、学部、礼仪院等不出“相”的部院衙门主官出任，至于相则在年老重臣中选择。平时各相独当一面，最多与相商议政务，原来明清内阁的票拟权由各相分刮，以避免一人如张居正般独揽大权。但若遇到重大事件及国策拟定或需要多个部之间沟通处理的事情，则由相召集在御前先召开政事堂会议解决。
除了这些行政方面的部门以外，郑克臧还将参谋厅改组为枢密院。枢密院设枢密使一人，副使二人，同知一到三人，佥事四人，同佥事三到五人，一等到四等赞画若干人。与宋代的枢密院由文官出掌不同，郑记枢密院是由武官掌握的，但其平时只有向最高统治者建议的权力，并无养军之财和调兵之权，完全听命于最高统治者本人并受制于文官掌握的6军和水军两部，只有战时才经由最高统治者授权获得指挥部队的权力。
按照郑克臧的设计，今后在各省同样要设立起分院、分衙门、分部，各府、各县也要设置职能相同的地方机构，当然，名称不一定非要这么定，但划细条块，厘清部门间责任是肯定的。不过，由于眼下缺乏足够数目的合格官员，所以只能先中央后地方的搭起架子，离真正施行还有一段路要走。话说到这，有些东西又不能不说了，要是真的让郑克臧完成了政改，那离他建国立号也就指日可待了。
招讨大将军幕府重新组建完成之后，大都督府内的机构随即撤销，大都督府也就于朱明王朝的其他几个一样沦为了职官，而幕府职才真正是差遣。但郑克臧还不满足，因为这一套东西尚不能在地方上施行，于是他又在临近岁尾封印的前两天布一道命令“附郭离城”作为他地方行政改革的开端。
所谓“附郭离城”也就是把所有在同一城区范围内的府县分开，由府来掌握城市的管理权，至于附郭的各县则移除城外另外选择县治。这样一来，虽然要花废相当数目的钱财来建设新的县城，但却可以成立新的商业中心，同时厘清管理范围---府县同城的时候，府常常侵占县对城市的管理权，而这一现象在两县同城的情况下更为明显---更为日后全国范围内的审判权改革做了铺垫。
也许是觉得单单一个“附郭离城”还不够，郑克臧又在后一天下达了“域名划一”的命令。要知道，在当时，县州府的名字是绝对不会搞错的，但是在县以下，各个地方的称谓不同，有称“都”、“图”，又称“乡”、“村”，也有称“堡”、“里”的，还有像东宁一样用保甲的，名目纷繁，不是熟稔的根本搞不清楚上下级关系。为了解决这个问题，郑克臧正式下令划一，县辖乡，乡辖保，保下牌甲，以此来增强县对乡村的控制。
几道命令下完了，没几天也就过年了，不过武定四年的正旦大朝却没有觉行，一方面武定帝已经病入膏肓了，另一方面郑克臧也不愿意再向朱明天子行礼叩拜，于是本该隆重举行的大朝仪不了了之，倒是夏王府里重演了当年安平城内的朝拜仪式
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