伴随着变异的生物由来学说的疑难--过渡变种的不存在或缺少--生活习性的过渡--同一物种中的分歧习性--具有与近似物种极其不同习性的物种--极完善的器官--过渡方式--疑难的事例--自然界没有飞跃--重要性小的器官--器官并不在一切情形的大部情况下都是绝对完善的--自然选择学说所包括的模式统一法则和生存条件法则。
我想读者在读到本书这一章节之前，必定已经遇到不少难点。其中有些是如此之难，以致我至今都一筹莫展；但是，我认为大多数难点都只是表面的，至于那些较深的难点，也并不妨碍我对这一学说的探讨。
上述难点和异议可分为以下几类：第一，如果物种逐步地从其他物种演变而来，那缘何没有看到无数的过渡类型？为什么物种之间区别分明，而整个自然界也并非混沌不清？
第二，某种动物，例如，一种具有和蝙蝠类似的构造和习性的动物可否由其他习性和构造极其不同的动物变化而来呢？我们是否可以相信，一方面自然选择能够产生出一些不十分重要的器官，就好像仅用作拂蝇的长颈鹿的尾巴，另一方面，也可以产生如眼睛那般奇妙的器官？
第三，本能可否依靠自然选择获得并得到改变？蜜蜂筑造蜂房的本能出现在学识渊博的博物学家发现之前，对此我们将如何解释呢？
第四，我们又如何来说明物种杂交时具有的及其后代具有的不育性，对于变种杂交的能育性没有损害呢？
我们在这里要讨论的是前两项，其他难点将在下一章进行讨论；关于本能和杂种状态将在接下来的两章中有所讨论。