医生根据自己的行医经验初步拟定手术入路，在患者头皮表面黏贴定位标记物再让患者做二次头部ct扫描。
拿出来的二次ct扫描图再输入三维导航系统，此时三维立体图形里头会冒出头皮标记物点。医生利用标记物让现实里的患者头部和三维图像头重合，在医生印象里形成比较精准的对照操作参照图。
为了追求再精准，医生会在成人手术中再给患者上头架。头架上有各种量尺，可以量出患者的头部外形参数。这个操作方法属于有框三维定标，相对上面说的无框三维定标，是神经外科比较原始的头皮切口定位方式了。
说到目前的患者为儿童，儿童是不让用头架的。头架太重，儿童头骨相对成人软弱，上头架怕出事，医生能避免则避免。
哪怕这些前面的准备功夫做的很齐全，很抱歉，手术中的定位可能会继续出问题。这是神经外科微创手术中利用三维导航系统经常出现的误差了，学术名叫做影像漂移，有统计学数据显示这种误差出现率可以达到百分之六十以上。
原因在于，大脑里是有脑脊液流动的，患者的头只要动一动，脑脊液会流动让脑组织产生改变。手术中固定患者头部了，患者头不动，可医生要在豆腐块似的大脑里找东西，要拨开下脑组织，如此下来脑组织的位置形态再发生变化。谁让脑组织软乎很容易被动。
所以要做到神经外科手术的实时精准，除非有实时影像学图片录入软件再调整三维图像。上头说了很多做不到实时影像学录入的原因，因此根本做不到术中实时调整三维影像。
唯一的突破途径是人工智能了，靠计算机自己来实时计算推演脑组织移动后的图像。