爱丽丝作为古代种所拥有的特殊能力之一，便是能够与生命之流相互交流，甚至融合成为其中的一份子存在。
面对萨菲罗斯对生命之流造成的严重污染，爱丽丝深知，如果不采取果断行动，后果将会不堪设想。
于是，爱丽丝毅然决然地投身融入到生命之流之中，用自己纯净的心灵去净化那些被萨菲罗斯玷污的部分。
从此，爱丽丝将永远守护着这片土地，以无尽的爱与勇气抵御着萨菲罗斯黑暗意志的侵蚀。
与此同时，在这风起云涌的局势下，肖则表现得颇为淡定从容，这段时间他也一直在旁冷眼旁观这场激烈争斗，
尽管由于萨菲罗斯的污染，致使神罗公司无法再像以往那样通过抽取生命之流来转化为魔晄发电，但肖在此刻展现出了他未雨绸缪的一面。
他早就研发出了次时代的发电机技术，无论是利用大自然的水力、风力和太阳能，还是借助人类自身的力量——人力手摇发电，都有着详尽的解决方案。
尽管使用其他方法所产生的效果不如直接燃烧灵魂那般迅猛和强大，但起码能够让当前的状况得以维持下去。
总体而言，神罗公司不仅并未因无法成功提取魔晄而走向破产倒闭之路，相反地，它竟然呈现出一派愈发繁荣昌盛的景象。
然而，时光匆匆流逝，仅仅过去了短短两年时间，令人意想不到的事情发生了。
萨菲罗斯竟然利用受到污染的生命之流（即黑·生命之流），通过塑形和具象化等手段，精心创造出了卡丹裘、罗兹以及雅祖三人组合，将他们当作自己执行各种事务的代言人。
此后不久，三人中又迫不及待地闯入了神罗总部，毫不留情地夺走了数量稀少且珍贵无比的杰诺瓦躯体。
凭借着这份来之不易的躯体材料，萨菲罗斯重新为自己塑造了一具全新的身躯。
但十分遗憾的是，这一回的克劳德比过去更猛了，因为，他背后站着的是，得到了已经能够熟练掌控生命之流力量的爱丽丝的全力支持与协助。
在两人默契无间的配合之下，克劳德爆发出前所未有的强大实力，果断施展出威力惊人的超究武神霸斩，再次将萨菲罗斯砍死于剑下。
伴随着萨菲罗斯的又一次陨落身亡，他那原本就脆弱不堪的灵魂终于彻底崩碎瓦解。
紧接着，生命之流仿佛感受到了邪恶的消逝一般，开始源源不断地释放出具有神奇净化能力的雨水，
这场净化之雨迅速蔓延至整个世界，将世间所有残留的初代杰诺瓦细胞统统清除得一干二净，拯救了所有的星痕病毒感染者。
然而，就在人们刚刚松了一口气，以为杰诺瓦病毒已经彻底被清除的时候，一场更为可怕的灾难却悄然降临。
这个新出现的病毒名为虚空病毒，它乃是吞噬并融合了先前肆虐全球的杰诺瓦病毒，从而变得愈发强大且难以对付。
一切原因都因为，神罗肖也不可避免地踏上了与女术士肖相同的悲惨命运之路，被生化肖所融合。
生化肖在成功夺取了神罗肖的全部力量之后，生化肖如同往常一般，毫不犹豫地开始大规模释放和培育虚空病毒。