公元322年正月，王敦在武昌起兵，以讨伐奸臣刘隗的名义东攻建康。他上疏列举刘隗十大罪状，表示只要刘隗授首便撤军退回。
党羽沈充在吴兴举兵响应。不久，王敦兵至芜湖，又奏列刁协罪状。司马睿大怒，下诏定王敦为“大逆”，表示要亲率六军与其决战，并急调刘隗、戴渊入卫建康。但当时门阀士族对王敦起兵大多态度暧昧。温峤便曾表示王敦所为必有原因，不算过分。王敦的兄长王含时为光禄勋，亦闻讯叛投王敦。
王敦起兵之初，曾遣使前往梁州、湘州，约甘卓、司马承一同东下。甘卓虽允诺，但却一直未曾出兵，在朝廷和王敦之间持观望态度。而司马承则囚禁来使，在长沙举兵声讨王敦，并攻杀王敦的姐夫湘东太守郑澹。
王敦一面命南蛮校尉魏乂、将军李恒等率两万兵马攻打长沙，一面命参军乐道融去游说甘卓出兵支持自己。乐道融本就不满王敦叛乱之举，趁机背叛了王敦，反劝甘卓袭击武昌。当时，司马承亦命主簿邓骞到梁州劝说甘卓，促请其起兵勤王。甘卓经过多番犹豫，最终还是决定支持朝廷，遂传檄声讨王敦。
武昌震动。王敦忙遣使向甘卓求和，请他罢兵退回梁州。甘卓再次犹豫，刚刚行至猪口便停军不进。
刘隗很快便与戴渊相继赶回建康，并与刁协一同入宫，请求司马睿诛杀留在京中的琅邪王氏族人，却被司马睿所拒绝。当时，王导率宗族子弟二十多人，每日至台城待罪，最终都得司马睿宽恕。
司马睿又命王廙去劝止王敦。但王廙非但不能谏阻王敦，反而被王敦留下，协助王敦的行动。就在当年三月，王敦大军逼近建康。司马睿以右将军周札守卫石头城，并亲自披甲出镇城郊，准备迎战。而刘隗则戍守金城，作为外援。
王敦欲先攻金城，打击刘隗。杜弘却认为周札刻薄少恩不得军心，建议先取石头城。王敦遂进攻石头城。周札开城投降。司马睿忙命刘隗、戴渊等率部反攻石头城，但皆大败而回。太子司马绍闻听诸军皆败，欲亲率将士出城决战，被温峤谏止。
刘隗、刁协率败兵回到台城。司马睿给二人配备人马，让他们逃离建康，自寻生路。刁协刚刚逃至江乘，便被随从斩杀，首级送呈王敦。而刘隗则逃回淮阴，但却遭到刘遐的袭击，只得率妻小亲信投奔后赵。