至于新京营，戚继光则提议重新招募壮勇组建。
朱翊钧对此予以赞同，且令戚继光编订招募制度和退伍条例。
即大明虽然注定要从卫所制渐渐过渡到以募兵制为主的军事制度，但也不能一时为兵终身为兵，进而使得没有壮勇入伍，毕竟没人像一辈子背井离乡，如此哪怕得了锦衣与厚赏又如何呢？
所以，需要推行退伍制度，即所募壮勇在入伍若干年后准予还乡，发放路费与补贴，优秀者要安排地方职务。
之所以是以募兵制为主，而不是全改为募兵制，则是因为考虑到实际情况，在一些边塞地区与海外地区，是需要兵农合一的卫所制模式的。
任何制度都不可能迅速消亡，也不可能迅速兴起，都会有一个渐变的过程。
朱翊钧向戚继光说了这一番要求，戚继光知道皇帝这是真的在把士兵当个人，也口称遵旨，而如此照办起来。
于是乎，接下来，整个京营的在京卫军与班军皆被集合起来。
京营官兵在隆庆年间补过一次壮勇，有六万余兵，但经过十余年，还是有三万余被权贵役占，或有富足者通过行贿营中将领而不操练，只做起商业匠作之事，只有贫困拿不出钱行贿营将与老病者，还留在营中。
戚继光在与协理京营戎政周泳、京营提督徐汝诚、新巡营给事中许广恩核查京营实际在营兵额后，就对各营参将游击以及坐营指挥使道：
“你们各自有多少兵给了你们上司使用，放出营做了其他谋生，即刻报上来，由枢密院清军司主事一一核实。”
为清查京营实际兵额数量和在籍军士去向，枢密院特设了清军司，从全国知县官中选了若干以清正为名的官员上来任主事，特查这些军籍军士去向。
彼时，坐营指挥使朱延承忍不住出列大声问道：“卑职倒想问问，如果按实情报上来，会怎么处置？”