时下虽是万历十三年年冬，但这一天阳光正好，明亮的屋内，众人皆只想着朝政上的事，没有感到半点寒冷，皆是红光满面。
申时行这里听后便颔首道：“那仆就上本，提议此事！”
说着，申时行看向海瑞、王遴等：“到时候诸公便辛苦一番，相信陛下会厚赏诸公，后人也会厚赞诸公！”
海瑞、王遴等拱手：“为君分忧，乃臣僚本分，何谈辛苦。”
而这时，王遴则问申时行：“整顿佛寺，难免会出现变故，无兵马予以保障不妥，枢密院打算以何人为提督，调兵马以应机变？”
“仆已与枢相议定，打算让铁岭侯任提督，铁岭侯刚凯旋归来，圣卷正隆，更易机变行事。”
申时行回道。
“妥当！”
王遴回了一句。
其他人也都颔首。
不久后，申时行便正式上疏奏请整顿佛寺道观，而请以户部尚书王遴钦差总督天下整顿佛寺道观事务，铁岭侯李如松钦差提督一营兵马以防大变，内阁学士沉鲤监理此事，户部右侍郎吕坤与兵部右侍郎金学曾协理此事。
朱翊钧予以准予。
于是乎，整顿佛寺的事便真的执行起来。
“户部吕部堂负责天下佛寺道观田地清丈，厘清其赋税钱粮诸事；”
“礼部金部堂负责天下僧尼道士清查，厘清有度牒和无度牒的数量，以及官私佛寺道观数目。”
“若有需要修正的条例国策，由内阁沉学士报请内阁研究制策。”
“而首先要进行的第一事便是先毁私创庵院。”