京营懈怠的事情，对朱由检触动很大。
他知道朱燮元这时候捅出问题，有私心。
但这不是京营懈怠的理由：
『京营可是我重新打天下的底气。
如果他们懈怠了，镇压不下地方怎么办？
还有那些藩属，会不会生出野心来？
绝对不能任由京营败坏，尤其是不能让外人看出来！』
一个虚弱的朝廷，是危险的——
地方会拖欠上缴朝廷的赋税，藩属会生出挑战朝廷的野心。
所以别管京营是不是真的懈怠，傅振商是不是为人背锅。朱燮元捅出这件事后，都需要给天下人交代。
朱由检将傅振商当即免职，命令朱燮元率领枢密院整顿京营，秋天再举行一次演习，邀请各军参与——
他要让地方和藩属知道：朝廷有足够的实力镇压他们。
为了让群臣知道此事的重要性，朱由检明言警告：
“京营强弱，关系天下安稳。
朕不想像前宋那样，强干弱枝、守内虚外，将天下兵马集中在京城。
但是也不能任由京营衰弱，让地方和藩属看到可乘之机。
京营禁军必须是天下第一等军队，朝廷要有依靠京营镇压天下的底气。
谁敢破坏这一点，谁就是朕的敌人。
此次整顿，朕给你尚方宝剑，不要顾忌任何人！”
向朱燮元当场赐剑，赐给他拿下任何人的权力。
朱燮元心中一凛，知道自己这次戳中了皇帝痛处：
皇帝察觉到权力根基受到侵蚀，命令他解决这个危机。
如果他处理不好，别说枢密同知的位子坐不稳。致仕后获得的爵位，都有可能降等。
他神色肃然地道：
“臣定竭尽全力，整顿京营将士。”
朱由检点了点头，吩咐兵部尚书刘遵宪：
“护军体系属于军政，是由兵部负责。
刘卿要收集护军制度成立以来的经验教训，重整京营护军体系。
朕希望护军不仅能保护军队，还能监督军队。
防止军中的旧思想、旧习气蔓延，整顿军队风气。
什么军阀思想、克扣军饷、体罚士兵、赌博酗酒、逃亡畏战……
都要纳入考核，用护军根治军队的旧风气。
监军总署要成立纠察队和惩戒营，把有旧军习气的人丢入其中整顿。
朕给你王命旗牌，整顿各级护军。”
刘遵宪肃然听命，朱由检又盯着杨嗣昌，斥责道：
“军中作训，是由参谋负责。
京营参谋司由参谋部直管，他们训练懈怠，参谋部责无旁贷。
杨卿要整理参谋制度，为京营训练定下新标准。
朕不希望一个护军使不称职、就能让整个京营懈怠的事情发生。
参谋体系要独立！”
杨嗣昌万万没想到，这还有自己的责任。
他初听还有些不服，觉得皇帝是为了帮新枢密确立威严，故意打压自己。
待到听到参谋体系独立，他顿时就明白了：
皇帝是在借机发作，提高参谋体系的地位。