这对他这个参谋部长当然是好事，他虚心接受批评，领下这个责任。
朱由检让朱燮元、刘遵宪、杨嗣昌组成京营整训委员会，吸纳枢密院、兵部、五府人员加入，对京营全面整顿。
他要借此机会，对军队进一步整顿，把大明的军队转变为以忠君爱国思想为核心，有思想、有文化的新军队。
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轰轰烈烈的京营整训工作，在朱燮元上任之后展开。
他是在京城任过职的，当时担任的是长城督师。对京营不说十分熟悉，却也有着了解。
他知道皇帝设立长城军团，为的就是作为第二禁军。
所以在整训开始后，他立刻和孙承宗商议，调集长城军团的将士进入京营。
再加上他从西南、安南带回的功臣，京营将士迅速开始了大换血。
凡是存在旧思想、旧习气、在训练中有懈怠的，都被清理出去，被新鲜血液替代。
就连勋贵也不行，皇帝要求重点清理他们：
在勋贵开藩之后，再让他们在京营掌军是危险的。
朱由检在京营主要任用的军官，是留在大明的世袭军官和军士。
各家勋贵在京营的势力，几乎被一扫而空，他们的人员都被要求去开藩。
朝野上下见到这个景象，都震惊于朱燮元的魄力。
凭借这件事情，朱燮元在枢密院建立了威严。
温体仁尤其感觉棘手，认为这位新枢密不好惹。
如果袁可立退下后朱燮元还这样，他很难凭借大学士的身份掌控枢密会议。
他在内阁议事时，试探道：
“朱枢密刚刚上任，就把傅振商拿下来。
他的胆子很大啊！
傅振商可是按大学士培养的翰林。”
非翰林不入内阁，当今皇帝坚持这个规矩。
出身翰林、又有兵部经历的傅振商，因此获得培养，以后很有可能成为武英殿大学士，入阁执掌军机。
这样一个人，背后有许多人支持。朱燮元却毫不犹豫把他拿下来，可想他的胆子。
温体仁认为不能放任，否则过几年重制礼乐完成、新的规矩定下后，枢密院就真的成了脱离内阁控制的衙门。
他向诸位大学士道：
“翰林是未来的学士，是为内阁储才。
若是任由他人攻讦，历练如何安稳？
傅振商在兵部历练时被拿下，不能开这个先例。”
从大学士培养出发，说动其他阁臣。
其他大学士听着这番话，觉得有一定道理：
在当今皇帝对翰林的培养策略下，翰林外放历练时，有可能被人阻击。
如果一直被人盯着不放，再有能力的人才也可能陷进去。
杨景辰赞同道：
“翰林历练，确实该有章程。
黜陟臧否，应该由内阁决断。”
徐光启认同这一点，认为傅振商纵然要撤职，也该经内阁批准：
“翰林的处置该由内阁定，这是以前的惯例。
傅振商合不合适，都应当按流程上报，不能交给其他衙门处理。”
三位大学士秉承这个态度，首辅韩爌自然不会唱反调。
他让温体仁写个条文，自己副署后呈交给皇帝。
温体仁却不愿了，他知道枢密院独立于内阁之外，是皇帝的意思。
自己在这种大政上和皇帝唱反调，会削弱皇帝对自己的宠信。