包括叶向高在内的大明士大夫们对基督教和耶稣会的了解都是非常有限的。耶稣会的前任监督利玛窦在和士大夫接触的时候，绝对不会非议儒家道德体系中的各种伦常规范。
相反，他还很会把儒家思想的精华和基督教义的重点结合起来，并时常援引儒家经典，乃至上古文献中的词句，来论证儒家思想与基督教义是高度契合的。
比如，利玛窦见人就讲：吾“天主”，乃古经书所称“上帝”。他还把基督概念中的“爱”与儒家概念中的“仁”结合起来。基督教义中有，爱上帝重于爱其他事物的句子，利玛窦就将其与，中国人传承的“敬天”概念等量齐观。基督教义中说，爱别人如爱自己，利玛窦就将其与，孔子所讲的，“仁者爱人，爱人者，人恒爱之”画上等号。
而且在介绍欧陆社会的风貌与现状时，利玛窦也只会节选好的，而不会说不好的。
比如，利玛窦在北京时，曾与时任首辅沈一贯接触，利玛窦受到了沈一贯的款待与挽留。席间，利玛窦向沈一贯以及在席的其他宾客介绍基督教徒的婚俗。他说，“基督教徒的婚姻只缔结于两个人之间，即使是王室也不例外。”
这引得沈一贯赞叹道：“在一个婚姻如此圣洁的国度里，别的事情看来就不用再问了，仅此就足以说明其他的一切是规范得多么恰当。”
但利玛窦很少向士大夫提及，乃至绝口不提的是，基督教义中存在着原罪、赎罪概念与末世论。而欧陆社会，尤其是上层社会中更是存在着极度混乱的婚外情，以及基于婚外情的没有继承权的非法私生子。
这一点在大明朝是很难想象的，因为在大明，非正妻所生的儿子是庶子，而不是什么非法的私生子，依旧享有继承权，只不过继承权排在嫡子之后。自隆庆以来的三代皇帝都是其父的庶子。
当时，迁延日久的国本之争已经进入到了最关键的阶段，要是利玛窦敢在“基督教徒的婚姻只缔结于两个人之间，即使是王室也不例外”这句话后面，添上“庶子没有继承权”这种话，恐怕沈一贯能直接给他撵出去。
由于“圣经”尚未翻译，大明的士大夫也没有动力主动远洋航行去“王化”洋夷，因此也就不能真正地考察、了解基督教义与欧陆社会的全貌，只能将这些精心节选的内容，作为观察远洋文化的唯一材料。
加之，西方的哲学和技术却也有其异质性和可取之处，所以便能广泛地得到有“易佛补儒”需求的士大夫们的青睐。
万历四十四年，沈㴶发起南京教案，徐光启上《辩学章疏》申救，当中就写：“诸陪臣，所传事之天之学，真可以补益王化，左右儒术，救正佛法也者。”
叶向高的问题让汤若望愣了好一会儿，过了许久，他才用极为诚挚的语气说道：“其他人怎么想我不知道，至少我远洋而来，一是倾慕天朝之盛，欲仿旧日遣唐使之例，感沐王化，修身侍天。二是希望布撒上帝福音，使人人为善，以称上天爱人之意。绝没有别的意思！”
叶向高凝视汤若望的眼睛，深吸一口气，郑重地问道：“汤小友，我问你，你老实告诉我。你和那个叫门多萨的人有书信来往吗？”
“没有。”汤若望不解，但还是老实答道：“我们就住在一间宅子里，不需要书信交流。”
“他去了辽东之后呢，你给他写过信吗？”
“也没有。”当了钦天官之后，汤若望整个人都扑在测算历法上，脑子里尽是数学和天文学，连去祷告室的频率都下降了，更别说给门多萨写信了。
“很好。”叶向高微微颔首。“那是谁把他放去辽东的？”
汤若望想起锦衣卫也问过类似的问题，于是他也给出了同样的答案：“没有谁，他去辽东的决定，是教会集体做的。门多萨毛遂自荐，踊跃异常，说是要用上帝的福音消弭那里的兵灾。大家就同意了。”
“这个事情有书面记录吗？你签了名吗？”叶向高捻了捻自己胡须。
“没有书面记录。我们只是在祷告室里举行了一场简短的会议就决定了。”汤若望回答说。
“他和你的关系好吗？”叶向高又问。
“谈不上多好，但总也算不得坏。”汤若望想了想。
“那你和他是同乡吗？”叶向高问。
听到这儿，坐在汤若望旁边的孙元化，隐隐地体察到了叶向高的话外之意。
“他是西班牙人，我是罗马人，但皆在天朝为客，也能算是同乡吧。”汤若望回答说。
“这两个地方离得远吗？”叶向高最后问。
汤若望回答道：“还挺远的，应该北、南直隶之间的距离要长。”
“那你听我的。”叶向高指向那三本已经被汤若望放到茶几上的弹章，说道：“这三本奏疏的内容大同小异，都是说你扰乱科考秩序。你随便挑一本回复，就说自己认识到了自己的错误与莽撞，想要静心学习天朝的典章制度，恳求皇上将你革职。”
“这......”汤若望想要说话，却再次被叶向高打断。
“听我说完。”叶向高接着道：“恳求革职是策略。你跑去贡院大吵大闹是事实。既然抹不开，就必须承认。‘不通国朝典制’本身就是避重就轻了。皇上会让司礼太监亲自放你出来，就不会同意你的辞请。”
“真的？”汤若望的眼眉间似乎又有了笑意。
“我至少有八成的把握。但还没完。”叶向高说道：“你若想真正地保住自己，那就还得上一道奏疏。”
“请大人赐教。”汤若望连忙道。
叶向高没有直接回答，而是先问：“汤小友，你听过万历四十四年的南京教案吗？”
“听过。”汤若望点点头。这个事情在耶稣会内部的影响极大，万历四十六年，他们随金尼阁抵达亚洲，在印度地区落脚时就听说了这个事情。“最后结果是先帝下令驱逐在华教在教众。”
“我现在就明确的告诉你，这个案子的性质比南京教案要严重得多。”叶向高说道：“据我的了解，南京教案的时候，就只有留都的巡捕动了，连南京的锦衣卫都没动。可现在，事情刚发生，北镇抚司就介入了。这个事情在内牵连扯阁员、部堂，在外涉及辽镇兵事。说近点，都察院那边正在勘验经略行辕送来的证物。说远点，前去辽东复勘的风宪官现在也已经离开了北京。这个案子最后的判词绝不是‘遣返本国’那么简单。你想要保住自己，就只能把自己给摘出去。”
“摘出去？”