由于海伦娜对新航母打击能力的追求，主要着眼于航母的单波次出动量而不是总载机量，所以新航母在机库的设计上没有选择双层乃至三层机库，而是采用了相对简单的单层机库。海伦娜认为通过提高机库空间的利用效率，优化战机在机库和甲板之间的周转速度，足以弥补单层机库在停机面积上的劣势。
不过不同于上个位面同样喜欢采用单层机库的美系航母，德国新航母的机库和飞行甲板是作为舰体结构的一部分参与舰体的总纵弯曲的，而不是像上个位面的美国航母那样，纯粹把机库和飞行甲板作为舰体结构上方的负重。这种承力式机库既提高了航母的纵向结构强度，同时也节约了近千吨的舰体结构重量。
新航母的机库长度为180米，宽度为米，高度为米。机库中共有四道可以开闭的横向防火门，将机库从前到后分割为五个独立的防火隔仓。当机库的部分区域发生火灾时，这些防火门可以关闭，以防止火势蔓延到机库的其他区域。机库前部的第一隔仓、中部的第三隔仓和后部的第五隔仓位置，各设有一台大型升降机用于和甲板之间的战机周转。
为了提高舰载机的单波次出击能力，新航母的飞行甲板相对于其吨位显得相当宽大。飞行甲板长度达到了的258米，最大宽度更是达到了在这个时代相当惊人的米。这主要是因为新航母综合运用了全封闭舰艏和舰艉飞行甲板挑檐式设计，最大限度地延伸了飞行甲板的长度；通过在舰体两侧设置外飘结构，最大限度地拓展了飞行甲板的宽度。
与上个位面二战期间那些经典的舰队航母相比，新航母的飞行甲板长度甚至超过了吨位比自己更大的日本“翔鹤”级航母的米，而仅次于美国“埃塞克斯”级航母的263米。而飞行甲板最大宽度则超过了上个位面几乎所有的二战航母，唯有日本的那艘由“大和”级战列舰三号舰的舰体改装而来，标准排水量高达62000吨的“信浓”号航母可以与之媲美。
这样未来在进行全甲板攻击准备时，新航母就可以将舰载机交错排成五列。而甲板最大宽度只有33米的“埃塞克斯”级的舰载机最多只能在甲板上交错排成四列。在甲板长度相差不大的情况下，仅这一点就让新航母的单波次最多可以出击的战机架次达到50架以上，比上个位面的“埃塞克斯”级航母还要高出了四分之一左右。
为了进一步解放甲板空间，新航母还将舰桥与烟囱融为一体，并且将其布置在战舰右舷中前部的外飘结构上，烟囱在舰桥顶部向外倾斜25度，以减少排烟对舰载机起降的干扰，这也是上个位面日本“飞鹰”级和“大凤”级航母上成功的设计经验。虽然类似上个位面“翔鹤”级航母那样，让烟囱在甲板附近向下弯曲的设计也能达到相似的目的，但这会增加高海况下海水倒灌进烟囱的可能性，不适合在北海地区使用。
除此之外，海伦娜还放弃了在舰桥前后设置大口径高射炮的做法，而是将几乎所有的防空武备都布置在比飞行甲板低一层的耳台上。这是因为虽然在舰桥前后布置大口径高炮可以兼顾左右两侧的防空，提高防空火力的利用效率，但也会占用大量的甲板空间，炮口冲击波也会严重影响甲板上的航空作业。上个位面的“埃塞克斯”级航母在改造时，就拆除了舰桥前后的四座双联装127毫米舰炮，以拓展飞行甲板的可用面积。
负责飞行甲板和机库之间舰载机周转任务的是三台大型升降机，这也是新航母在设计上颇具特点和匠心的地方。三台升降机中最前面的一台是舷内升降机，布置在舰桥前部的甲板偏右侧的位置上。另外两台则是舷侧升降机，其中一台位于航母舰桥后方的右舷中部，另一台则位于航母左舷的后部。三台升降机提升能力均为25吨，分别对应着机库前部的一号防火隔舱，中部的三号防火隔舱和后部的五号防火隔舱。
航母前部的舷内升降机形状为纵向放置的长方形，长度为24米，宽度则为11米，每次最多提升或者回收四架舰载机。由于这部升降机为纵向偏右布置，而且新航母的飞行甲板宽度较大，所以即使这台升降机在作业时，飞行甲板左侧依然有起飞通道可供战机起飞。这就避免了因为前部升降机被击中或者发生故障导致航母完全失去起飞能力的情况。