对于《寄生虫》的故事本身，刘培文早已烂熟于心，但小说不是简单的把故事从头到尾讲完即可，如何抽丝剥茧的揭开贫穷、阶级之间的残酷真相，才是他要考虑的。
思虑再三，刘培文决定把整个故事调整为倒叙的状态。
整个故事的叙述，由基宇的回忆，一份研究报告、以及一封包含摩斯电码的往来书信共同组成。
故事的开篇，被刘培文安排在故事尘埃落定后的庭审现场。
【公开审理的案件总是有所不同。
基宇和母亲站在嫌疑人席位，旁边是正在擦汗的辩护律师。
而在他们的对面，原本列席三位的原告席位上已经坐了四个西装革履的人，后面还特意加了一排桌椅，用来盛放其余四人。
三比八，如果是足球赛的话，可以说是糟糕的比分了。
当然，如果是篮球赛的话，一切才刚开始。
所有人寂静无声，等待着法官的到来。
法官是一名女性，她身着制服，宽厚的身躯走得格外匆忙。
放下手里的材料，她迫不及待地说道，“好，现在开庭，本案为第一次审理，内容为‘半山别墅随机杀人案’”
“现在核对原被告情况——”
“嘿嘿！”
一声不合时宜的笑忽然让场面寂静下来，所有人都望着基宇。】
在庭审现场，基宇似乎已经成了被石头“砸坏脑袋”、只会傻笑的病患。
而随着庭审的进行，原告律师，被告律师双方互相质证，同时伴随着多位现场证人的证词以及所谓“家庭录像带”的证据展示，一个被刘培文刻意隐去了核心问题的庭审层层揭露出了小说故事的每一个侧面。
首先登场的是基宇的朋友敏赫，他的证词揭开了基宇与朴社长一家建立联系的原因。
然后在被告律师的质证下，原告律师出示了朴社长女儿多蕙的谈话录音。
随后是根据此前基宇母亲的证词所描述的关于基宇几人如何一步步窃取到朴社长家各种职务的经过。
在你来我往间，一场持续了一个下午的庭审通过不同的侧面描述让整个故事逐渐丰满起来。
而站在那里总是莫名其妙发笑的基宇，却用内心的独白，以第一人称的角度重新讲述庭审现场所描述的一切。
在他的讲述中，刚刚无比严肃的庭审内容，却又变成了一个个充满喜剧色彩的家庭故事——直到最后的转变。
为了塑造阶级之间的差距，刘培文特意让原告方朴社长一家集体未出席，但原告方却拥有豪华的律师团队，而基宇这边则是检方委派的一个只能勉强读完提前写好的辩词，一旦被原告律师提问就会反复卡壳、失忆、忘记重点的公益律师。
除此之外，医治基宇的医生、官司结束后跟踪了基宇一阵却完全无法隐藏自己的刑警，一切的人都像是草台班子，或者说，所有人都是社会体系的寄生虫，他们远不如外表光鲜亮丽，更多时候不过是混日子罢了。
考虑到父亲基泽在重重压力下现场崩溃刺杀朴社长的剧情是非常关键的走向，所以刘培文刻意让庭审前半段对于事情发生的前因后果语焉不详，直到最后才通过“一个到访宾客提供的手持录像机影片”来描述出了关键性的一幕。
除了庭审之外，刘培文为了强化“贫穷的味道”和“透明围栏”这两个概念，特意在庭审之后，花费了相当的笔墨，以检察院调查员的视角，深入调查分析了故事中被反复提及的“地铁味儿”。
而这份实际上也是以糊弄的心态做出来的研究报告，对“地铁味儿”上来就归纳为穷人不洗澡导致的酸臭，然后花费巨大篇幅去论证穷人为什么不洗澡。
至此，庭审和研究报告成了故事的一体两面，小说借此将故事内外的“寄生虫”们都进行了一番展示，让原本就显得魔幻色彩浓厚的小说更是增添了几分荒诞味道。
而小说的第三部分：设计好的摩斯电码回信实际上就是基泽视角的回忆录和他的梦。
至此，小说的最后一段谜团被补完，一个看起来“没有坏人”，却处处隐藏着对立、矛盾的现实小说就此完结。
由于埋设了很多细节线索，又使用了倒叙的方式把故事核心渐进式补完，刘培文写得并不算快。
到了第二部分的调查报告，刘培文则煞有介事地仿照调查报告的格式、客观口吻来进行主观叙事，通过对鞋子、杀虫剂、消毒水、下水道内容物等象征内容的“味道分析”让这份调查报告事实上成为客观描述基宇一家生存困境的白皮书。
至于第三部分的摩斯电码与往来书信，这反而是最简单的一个。
这部分内容根植于基宇的回忆，形式上却是基宇对父亲的回信和对父亲最终去向的揭秘。
为了让这封信更有真实性，刘培文对着摩斯电码的标准码写出了“基泽的信”，然后把这个内容嵌套进基宇写给父亲的回信里面。
【爸爸，你知道吗？庭审过后，我们最终被判定为正当防卫，被判定为缓刑。
只是可惜啊，基婷那么厉害，却死得太早了。
其实妈妈和我也不知道爸爸你在哪，刑警却费了很大功夫一直跟踪我们。